13րդ դարում, կաթողիկեները բնակություն հաստատեցին այն տարածքում, որտեղ ներկայումս կառուցված է եկեղեցին, իսկ 1240թ․-ին Դոմինիկյան Միաբանությունը այս տարածքում վանք հիմնադրեց: 1328 թվականին Թբիլիսիում հիմնվեց Եպիսկոպոսական Աթոռ և կառուցվեց Մայր Տաճար եկեղեցի, որը նվիրվեց Սուրբ Հովհաննես Մկրտչին: 16րդ դարում Կաթողիկե երկրպագությունը այստեղ ընդհատվեց: 17րդ դարի ընթացքում կաթողիկե միսիոներները վերադարձան Վրաստան և կառուցեցին Ավետմանը նվիրված նոր եկեղեցի (այսպես կոչված ՝ «լատինական եկեղեցի կաթողիկէ փողոցում»): Հետագայում Թեյմուրազ թագավորը ևս մեկ անգամ զրկեց կաթողիկեներին այս տարածքում երկրպագություններ կազմակերպելու հնարավորությունից:
Ներկայիս Մայր տաճարը նախագծվել է Ֆրիար Ֆիլիպո Ֆորանյանի կողմից և կառուցվել է նախորդ Ավետման եկեղեցուն մոտ գտնվող տարածքում (1805-1808): 1884թ․-ին Հայր Դմիտրի Թումանիշվիլին շենքն ավելի է կատարելագործել եւ գեղեցկացրել: 1998թ․-ից 1999 թվականը Մայր Տաճարը հիմնովին վերանորոգվել է Լատինական Եկեղեցու Առաքելական Ադմինիստրատոր Ջուզեպե Պազոտոյի առաջնորդությամբ եւ ճարտարապետ Ա. Սոլոմնիշվիլիի վերահսկողությամբ: Վերականգնման ավարտին եկեղեցին վերանվանվեց ի պատիվ Մարիամ Աստվածածնի Վերափոխման: Այսօր շենքում ներկայացված են բարոկկո և նեոգոթական ճարտարապետության տարրեր, իսկ խորանի հատվածը զարդարված է ժամանակակից որմնանկարներով (1999 – 2000):
Բացի Մայր Տաճարից Թբիլիսիում է տեղակայված նաև «Սուրբ Պետրոս և Պողոս » կաթողիկե եկեղեցին:
Nel mondo cristiano, la Georgia fa parte dei Paesi in cui la dottrina fu predicata nel primo secolo. In Georgia (regni dell’Iberia e della Colchide), insieme con Sant’Andrea, predicarono anche altri Apostoli. Anzi, l’Apostolo Simone Cananita è sepolto in Georgia occidentale, in Abkhazia. Però, nel regno di Kartli (Iberia) la diffusione della nuova religione comincia nel IV secolo, a pari passo con l’Impero Romano. Nel secondo decennio del IV secolo, la Santa Nino di Cappadocia si recò nella Georgia orientale per rintracciare chitone di Cristo, portato da Gerusalemme a Mtskheta nel primo secolo dai giudei.
Sul cammino verso la Georgia a Santa a Nino apparve la Madre di Dio che le consegnò “La Croce di vite”. Nel 326, sulla base delle prediche di S. Nino il re di Kartli, Mirian, ha abbracciò il cristianesimo, proclamandolo come la religione ufficiale di Kartli (Georgia orientale). Su richiesta del re Mirian, l’Imperatore Costantino inviò un vescovo e dei preti a Mtskehta, città capitale di Kartli. Il re Mirian costruì a Mtskheta, sul posto dove giaceva il chitone del Salvatore, la chiesa di Svetitskhoveli che, più tardi, diventò la chiesa principale e la sede del Patriarcato. Proprio in questa chiesa il Catholicos Patriarca, insieme con le autorità georgiane, ha accolto due Papi che hanno visitato la Georgia: Giovanni Paolo II (1999) e Francesco (2016). La cultura cristiana si diffuse presto in tutto il regno di Kartli. Già nel V secolo fu scritto il primo testo agiografico originale “Martirio di Santa Shushanik”. Nello stesso secolo, al tempo di re Vakhtang, il vescovo di Mtskheta fu elevato al rango di Catholicos, dopo di che il Patriarca di Antiochia concesse l’autocefalia alla Chiesa di Mtskheta. Dal XI secolo i vescovi di Mtskheta portano il titolo di Catholicos-Patriarca.